Lần đầu tiên những bộ phim về chiến tranh của Việt Nam như "Cánh đồng hoang", "Bao giờ cho đến tháng 10", "Em bé Hà Nội" sẽ tham gia LHP quốc tế Chơn-chu (Jeonju, Hàn Quốc) từ ngày 1-9/5.
Lần đầu tiên những bộ phim về chiến tranh của Việt Nam như "Cánh đồng hoang", "Bao giờ cho đến tháng 10", "Em bé Hà Nội" sẽ tham gia LHP quốc tế Chơn-chu (Jeonju, Hàn Quốc) từ ngày 1-9/5.
Được Việt Nam hậu thuẫn, ngày 8 tháng 1 năm 1979 Hội đồng Nhân dân Cách mạng nước Cộng hòa Nhân dân Campuchia do Heng Samrin làm Chủ tịch đã được thành lập. Đảng Nhân dân Cách mạng Campuchia về danh nghĩa là đảng cầm quyền tại Campuchia. Nhưng tổ chức này mới được thành lập nên chưa đủ sức bảo vệ chính phủ mới khỏi trước sức mạnh quân sự của Khmer Đỏ.
Chính hành động này đã làm cho Việt Nam bị cấm vận thông qua trong cuộc bỏ phiếu tại Liên Hợp Quốc vào năm 1985: Lào, Syria, Ba Lan, Mông Cổ, Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Xô viết Ukraina, Liên Xô, Samoa, Nicaragua, Cuba, Tiệp Khắc, Yemen, Iraq, Bulgaria, Ethiopia, Byelorussia và một số nước khác bỏ phiếu phản đối cấm vận Việt Nam. Tổng cộng 124 phiếu thuận, 17 phiếu chống. Việt Nam lâm vào tình cảnh bị cấm vận, thiếu thốn.[68]
Hàng ngàn công chức và kỹ thuật viên Việt Nam đã được đưa sang Campuchia để khôi phục hệ thống điện, nước ở Phnôm Pênh, đưa hệ thống đường sắt vào hoạt động trở lại. Các bệnh viện và trạm xá được mở lại với các bác sĩ dân y và quân y Việt Nam cùng một số bác sĩ Campuchia còn sống sót qua thời Khmer Đỏ. Hàng trăm người Campuchia được gửi sang Việt Nam học các khóa cấp tốc về chăm sóc sức khỏe, giáo dục, ngân hàng, ngoại thương và an ninh.
Từ tháng 4/1979, lực lượng Việt Nam chỉ còn quân khu 5, quân khu 7, quân đoàn 4, quân khu 9 ở lại Campuchia, đóng thành bốn mặt trận 579, 779, 479 và 979. Từ năm 1979 đến giữa năm 1985, quân đội Việt Nam thực hiện các chiến dịch quân sự truy quét các căn cứ của Khmer Đỏ. Tháng 1 năm 1980, chiến dịch quân sự nhằm vào Khmer Đỏ tại Phnom Chhat bắt đầu. Các cuộc đụng độ giữa các lực lượng NCR và quân Việt Nam cũng diễn ra và lan sang cả lãnh thổ Thái Lan. Thời gian này, Khmer Đỏ bắt đầu tái xâm nhập Campuchia từ Thái Lan với khoảng 3-4 ngàn quân. Khi mùa mưa tới, Khmer Đỏ đã tái tổ chức lực lượng, chỉ huy và huấn luyện, bắt đầu các cuộc giao tranh quy mô nhỏ như đánh du kích, phục kích, pháo kích quấy rối.
Lực lượng Việt Nam và chính phủ Phnom Phênh tiếp tục truy đuổi và giáng những đòn nặng nề vào các nhóm chống đối. Năm 1982, trong một chiến dịch dữ dội nhất kể từ khi quân Việt Nam tiến vào lật đổ Khmer Đỏ, sư đoàn 7 Việt Nam đánh vào trại Sokh San của KPNLF, buộc họ phải bỏ chạy vào Thái Lan. Tới tháng 7 năm 1982, Việt Nam tuyên bố sẽ rút quân từng phần khỏi Campuchia đơn phương và vô điều kiện. Ngay lập tức, các lực lượng đối lập tăng cường các hoạt động quân sự. Quân Khmer Đỏ tăng cường hoạt động vũ trang tại các tỉnh Kampot, Takeo, Kampong Cham và Kampong Thom[69] Sự yếu ớt của quân đội chính phủ Phom Penh khiến họ không thể chống đỡ được sự trỗi dậy của Khmer Đỏ. Tình hình quân sự tại Campuchia trong năm 1983 trở nên xấu đi, buộc Việt Nam phải ngừng việc rút quân khỏi Campuchia.
Tương quan lực lượng năm 1984 là Việt Nam có khoảng 180 ngàn quân tại Campuchia, so với khoảng 17 ngàn quân của KPNLF, và khoảng 30-50 ngàn quân Khmer Đỏ và khoảng 5 ngàn quân thuộc lực lượng Sihanouk.
Tới mùa khô năm 1984 - 1985, Việt Nam huy động khoảng 60 ngàn quân cho chiến dịch tấn công quyết định nhằm triệt hạ các căn cứ của Khmer Đỏ nằm gần Thái Lan, cùng với hàng chục ngàn dân công Campuchia xây đường và mở rộng các sân bay dã chiến tại khu vực biên giới. Cuối tháng 12 năm 1984, khoảng 1.000 quân Việt Nam đánh hạ căn cứ Nong Samet. Tháng 1 năm 1985, khoảng 4.000 quân Việt Nam, với hơn 30 xe tăng và xe bọc thép hỗ trợ, đánh vào căn cứ Ampil của lực lượng Mặt trận Nhân dân Giải phóng Quốc gia Campuchia (KPNLF) với 5.000 quân phòng ngự và triệt hạ hoàn toàn căn cứ này sau 36 giờ. Quân Việt Nam và quân chính phủ Cộng hòa Nhân dân Campuchia cũng mở chiến dịch tấn công căn cứ lớn có gần 10.000 quân Khmer Đỏ đóng giữ tại Phnom Malai, nơi mà họ từng định đánh chiếm năm 1982 nhưng bất thành, và đã triệt hạ căn cứ này sau 2 ngày giao tranh. Chiến dịch mùa khô năm 1984-85 là chiến dịch lớn chưa từng có của Việt Nam kể cả về quy mô, thời gian và mức độ thành công.[70]
Sau các chiến dịch 1984-85 của Việt Nam, lực lượng đối lập bị nhiều tổn thất. Liên quân KPNLF và Khmer Đỏ ước tính đã bị mất khoảng 1/3 lực lượng do thương vong và đào ngũ.[71] Liên minh này mất toàn bộ các căn cứ trên đất Campuchia, trong đó có thủ đô lâm thời đặt tại một ngôi làng có tên Phum Thmei trong rừng sát biên giới Thái Lan. Khmer Đỏ rút một phần về Thái Lan, một phần chia nhỏ và ẩn trong nội địa. Hai phe Sihanouk và Son Sann rút hẳn vào trong lãnh thổ Thái Lan. Chiến dịch truy quét quy mô lớn kéo dài 5 tháng của Việt Nam đã chấm dứt hy vọng lật ngược tình thế của Khmer Đỏ và KPNLF. Kể từ cuối năm 1985, các lực lượng này về cơ bản không thể là mối đe dọa lớn đối với chính phủ Cộng hòa Nhân dân Campuchia được nữa.
Ngày 16 tháng 8 năm 1985, thông cáo của cuộc họp các bộ trưởng ngoại giao ba nước Đông Dương tại Phnôm Pênh tuyên bố Việt Nam sẽ rút quân hoàn toàn khỏi Campuchia, quá trình rút quân hoàn thành năm 1990.[72]
Tháng 6 năm 1988, trên cơ sở trưởng thành của quân đội Campuchia và với sự thỏa thuận của giữa Việt Nam và Campuchia, Việt Nam đã rút toàn bộ chuyên gia dân sự và đến ngày 26 tháng 9 năm 1989, Việt Nam rút toàn bộ quân tình nguyện và chuyên gia quân sự Việt Nam về nước. Sau khi quân tình nguyện Việt Nam rút hết, lúc đầu phía Campuchia có lúng túng trước các hoạt động giành dân, chiếm đất của Khmer Đỏ và đồng minh nhưng dần dần Campuchia vươn lên làm chủ tình hình, kiểm soát trên 90% lãnh thổ.[73]
Năm 1992-1993, lực lượng gìn giữ hòa bình Liên Hợp Quốc Campuchia (UNTAC - United Nations Transitional Authority in Cambodia) tạm thời quản lý Campuchia.
Trên chiến trường Campuchia, vì quân Việt Nam tiến quá nhanh chóng, nên quân Khmer Đỏ chỉ bị tan rã chứ chưa bị tiêu diệt hẳn. Nhiều đơn vị đã tập trung lại thành những đơn vị nhỏ, tiếp tục đánh du kích và quấy phá.
Sau khi Quân đoàn 4 chiếm được Phnôm Pênh, ngày 7/1/1979 các đơn vị của Quân đoàn 3, Quân khu 5 và Quân khu 7 cũng vượt sông Mekong tiến chiếm và bình định lãnh thổ phía bắc Biển Hồ và sông Tonlé Sap. Quân Khmer Đỏ đã cố gắng kháng cự gần tỉnh Battambang nhưng cũng chỉ có thể làm chậm đà tiến quân của Việt Nam. Họ đã phân tán thành nhiều đơn vị nhỏ tiếp tục đánh du kích.
Quân đoàn 2 và các sư đoàn của Quân khu 9 sau khi chiếm được vùng duyên hải cũng tiến dọc theo quốc lộ 4 về hướng Bắc. Mấy ngày sau khi Trung Quốc tiến đánh biên giới Việt-Trung, Quân đoàn 2 rút về bảo vệ Hà Nội[44]. Việt Nam bắt đầu tổng động viên, một số các trung đoàn độc lập được tăng cường lên thành cấp sư đoàn, như các trung đoàn Gia Định 1 và 2, Quyết Thắng 1 và 2, trở thành các Sư đoàn 317, 318 để gửi sang tăng cường mặt trận Campuchia. Trách nhiệm chính trong công tác hành quân vẫn là các đơn vị của Quân đoàn 4.
Ngày 8 tháng 1, Sư đoàn 10 theo lệnh của tướng Kim Tuấn thực hiện cuộc hành quân chớp nhoáng truy kích quân Khmer Đỏ. Tới ngày 9, Trung đoàn 24 đã chiếm được Kampong Thom, Trung đoàn 26 cũng đã kiểm soát được đường 6 nối Kampong Thom và Phnôm Pênh, Trung đoàn 66[f] được lệnh vượt lên trước hai đơn vị này đánh chiếm thành phố Siem Reap ở phía tây bắc biển hồ Tongle Sap. Dùng 36 xe tải chở quân, được xe tăng yểm trợ, trung đoàn nhanh chóng hành quân, tiến được 100 km chỉ trong vòng 2 giờ, đồng thời đánh tan các trạm kiểm soát của Khmer Đỏ dọc đường. Trên đường đi, một đoàn xe chở quân Khmer Đỏ cũng nhập vào đội hình trung đoàn do tưởng nhầm là tàn quân Khmer Đỏ tháo chạy. Do trời tối, không ai phát hiện ra sự nhầm lẫn này. Mãi đến khi hai bên nhận ra nhau thì một trận đánh khốc liệt mới nổ ra, quân Việt Nam tiêu diệt và chiếm toàn bộ đoàn xe gồm 23 xe tải chở quân Khmer Đỏ. Rạng sáng ngày 10, quân Việt Nam đến Siem Reap, quân Khmer Đỏ bị bất ngờ, phải tháo chạy ra bốn phía. Tới khi trời tối thì Trung đoàn 24 thuộc Sư đoàn 10 và Sư đoàn 5 của Quân khu 7 cũng đã tới nơi.
Ngày hôm sau, Trung đoàn 24 lại hành quân 100 km nữa đánh chiếm thị xã Sisophon nằm cách biên giới Thái Lan 50 km. Ngày 12 tháng 1, (sau khi trao lại thị xã cho lực lượng Quân khu 5) trung đoàn 24 một tiểu đoàn của Trung đoàn 66 cùng một đại đội xe M-113, pháo phòng không và trọng pháo theo theo đường 5 phía nam Sisophon đánh vào các lực lượng Khmer Đỏ đang tập trung về Battambang và chiếm thành phố ngay trong ngày hôm đó.
Ngày 13 tháng 3 năm 1979, tướng Kim Tuấn di chuyển Bộ chỉ huy Quân đoàn 3 đến Battambang để trực tiếp chỉ huy chiến dịch truy quét tàn quân Pol Pot tập trung ở vùng tây nam gần biên giới Thái Lan. Ba ngày sau, ông rời Battambang để đi Siem Reap, trên đường đi khoảng 40 km về hướng bắc Battambang, đoàn xe của ông bị Khmer Đỏ phục kích. Mặc dù lực lượng phục kích bị đè bẹp,[45] chiếc com-măng-ca thứ 3 có Tư lệnh Kim Tuấn ngồi bên cạnh người lái xe bị trúng đạn M79 khiến ông bị thương nặng vùng cột sống và mất ngày hôm sau, ngày 17 tháng 3. Ông là sĩ quan cao cấp nhất của Quân đội Nhân dân Việt Nam hy sinh khi tham chiến ở Campuchia. Ba tháng sau, tháng 6 năm 1979, Quân đoàn 3 của ông rời Campuchia để tham gia phòng thủ biên giới phía bắc với Trung Quốc.
Trận đánh quan trọng đầu tiên trong chiến dịch bình định diễn ra tại Kampong Speu, nằm trên quốc lộ 4 nối hải cảng Kampong Som với Phnôm Pênh, cách Phnôm Pênh khoảng 50 km. Thị xã này, sau khi quân Khmer Đỏ di tản vội vã, do Trung đoàn 10 thuộc Sư đoàn 339 Việt Nam chiếm đóng. Nhưng ít ngày sau, các lực lượng còn lại của các Sư đoàn 703, 340, 221 từ tuyến phòng thủ Svay Rieng chạy về đã tập trung lại và dự định tái chiếm thị xã. Được tin, Bộ tư lệnh Quân đoàn 4 điều động Sư đoàn 341 đến tăng cường. Trận đánh bắt đầu ngày 21 tháng 1 năm 1979 đến ngày 7 tháng 2 mới kết thúc. Dù bị tổn thất nặng, quân Việt Nam vẫn giữ được Kampong Speu, các lực lượng của 3 sư đoàn Khmer Đỏ bị tan rã, chỉ còn là những nhóm nhỏ hoặc tiếp tục đánh du kích, hoặc rút về biên giới Thái Lan.
Giữ vững được Kampong Speu, bảo đảm được giao thông trên quốc lộ 4, quân Việt Nam tiến đánh căn cứ Amleang, nơi mà bộ chỉ huy quân sự của Pol Pot từ Phnôm Pênh rút về trú đóng. Căn cứ này nằm trong một vùng rừng núi hiểm trở, cách Phnôm Pênh khoảng 100 km về phía tây nam. Lực lượng tấn công gồm Sư đoàn 2, Sư đoàn 7, Sư đoàn 9, Sư đoàn 341 của Quân đoàn 4, được tăng cường thêm Sư đoàn 5 của Quân khu 7. Vì lực lượng tấn công quá hùng hậu, quân Khmer Đỏ rút lui, bỏ lại căn cứ Amleang, nhưng họ tìm đủ cách để gây khó khăn và tổn thất cho quân Việt Nam khi họ rút lui khỏi căn cứ bằng đủ mọi cách như phục kích, bắn tỉa, gài mìn, đốt rừng...
Chiếm xong được Amleang, quân Việt Nam mở chiến dịch đánh chiếm thị trấn Leach (Phnum Kravanh). Leach là một thị trấn nằm gần quốc lộ số 5 là con đường từ Phnôm Pênh đi Battambang, cách biên giới Thái Lan khoảng 80 km. Trước ngày 7 tháng 1, Leach được Khmer Đỏ sử dụng làm căn cứ tiếp liệu. Sau khi Phnôm Pênh thất thủ, khi quân Việt Nam chưa có đủ thì giờ để chiếm đóng hết các vị trí, Khmer Đỏ dự định biến Leach thành một căn cứ phản công. Phần lớn những lực lượng còn lại được tập trung tại đây gồm nhiều sư đoàn (104, 210, 260, 264, 460, 502). Lực lượng phòng thủ cũng có vài khẩu pháo 105 ly vài xe thiết giáp.
Để tấn công Leach, quân Việt Nam đã sử dụng một lực lượng lớn và tấn công làm bốn hướng. Hướng thứ nhất, do Sư đoàn 341 thay thế Sư đoàn 330 đã bị hao hụt quân số quá nhiều khi giải tỏa quốc lộ số 5, đánh chiếm thị xã Pursat để từ đó đánh vào mặt bắc của Leach. Hướng thứ hai do Sư đoàn 9 từ căn cứ Amleang mới chiếm được đánh vào phía đông. Hướng thứ ba do Quân khu 9 phụ trách được tàu đổ bộ chở đến tỉnh Koh Kong, rồi từ đó, tấn công mặt nam. Hướng thứ tư, do Sư đoàn 31, Quân đoàn 3, từ biên giới Thái Lan theo tỉnh lộ 56 đánh ngược về mặt tây của Leach.
Vì đây là một trận quyết định, nên trận đánh đã kéo dài trên một tháng. Tất cả các sư đoàn tham chiến đều bị tổn thất nặng. Cuối cùng, căn cứ Leach của Khmer Đỏ bị Sư đoàn 9 chiếm được ngày 29 tháng 4 năm 1979. Trận đánh tại căn cứ Leach là trận đánh có quy mô lớn cuối cùng trên đất Campuchia. Sau khi Leach bị mất, các đơn vị còn lại của Khmer Đỏ rút về các mật khu ở Pailin và Tasanh sát biên giới Thái Lan. Một số khác phân tán thành những đơn vị nhỏ tiếp tục đánh du kích.
Giữa tháng 3, quân Việt Nam mở chiến dịch mới đánh chiếm căn cứ Tasanh, nằm ở phía nam Pailin. Tới 28 tháng 3, căn cứ này thất thủ, khiến cho "đại sứ quán" Trung Quốc đóng tại đây phải sơ tán về vùng núi cao. Ban lãnh đạo Khmer Đỏ tại đây cũng bỏ chạy, bỏ lại một phần tài liệu, xe cộ, vũ khí, lương thực dự trữ và 3.000 tấn đạn dược.[46]
Các đơn vị của Việt Nam bắt đầu phân nhiệm để hành quân bình định. Nhiều sư đoàn thiện chiến đã bị hao hụt nặng được rút về nước. Những sư đoàn tân lập được gửi qua tăng cường hay thay thế. Phía Việt Nam cho biết, tới cuối tháng 1 năm 1979, quân Việt Nam đã có tới 8.000 thương vong. Riêng Quân đoàn 4, đơn vị chủ lực đánh vào giải phóng Phnôm Pênh, sau 18 tháng chiến đấu (từ giữa năm 1977 tới tháng 1/1979) đã tiến hành 5 chiến dịch cấp quân đoàn, 13 trận đánh cấp sư đoàn, 68 trận cấp trung đoàn và gần 700 trận cấp tiểu đoàn, bị hi sinh 3.446 người, 12.464 người bị thương. Quân chủng Hải quân trong chiến dịch Tà Lơn đã xóa sổ lực lượng hải quân của Khmer Đỏ, làm chủ hoàn toàn vùng biển phía Nam Campuchia với tổn thất là 373 người chết, bị thương 661, mất tích 65 người.
Về phía quân Khmer Đỏ, lực lượng này bị thiệt hại rất nặng. Hầu hết các sư đoàn bị đánh tan, khoảng 3/4 lực lượng đã bị mất. Tuy nhiên, Khmer Đỏ vẫn còn khoảng 30.000 quân kịp chạy thoát sang Thái Lan hoặc trốn vào các vùng rừng núi, lực lượng này vẫn còn khả năng quấy phá, phục kích, gây mất ổn định khiến Việt Nam phải duy trì một lực lượng quân sự lớn tại Campuchia.